25 марта 1932 года возведен в сан протоиерея и переведен в другую церковь, в Богородице-Владимировскую церковь в город Мытищи.
В 1937 году арестован по обвинению "к/р деятельность среди населения, недовольство Советской властью, систематическая к/р агитация".
Из показаний "свидетелей": "Лихарев иногда проявлял недовольство Советской властью, говорил, что Советская власть делает гонение на религию, не дает спокойно жить верующему населению, при этом приводил примеры, кого из попов арестовали..."
"О. Александр сказал: "Советская власть выпустила Конституцию. Казалось бы, всем гражданам должна быть полная свобода, а получается наоборот. Особенно делают гонения на религию, служителей культа гоняют из района в район, нигде их не прописывают".
О. Александр был обвинен в к/р деятельности и к/р агитации. Виновным себя он не признал.
3 декабря 1937 года следствие было завершено, и 5 декабря Особой тройкой при УНКВД по Московской области приговорен к десяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере.
11 декабря был отправлен этапом по железной дороге к месту заключения в Кемеровскую область, в Сиблаг НКВД
9 января 1938 года они прибыли на станцию Суслово Красноярского края, и часть священников, в том числе и отец Александр Лихарев, были направлены работать на свиноферму Бамлага НКВД.
Еще дорогой отец Александр заболел – поначалу болезнь казалась простой простудой, но впоследствии, когда этап прибыл на конечный пункт, священник оказался в условиях жизни настолько суровых, что ослабевший во время этапа организм уже не смог справиться с болезнью.
Всех заключенных поместили во временных землянках. Стояли сибирские морозы, было холодно, а дров недоставало даже на то, чтобы вскипятить воду. Вскоре в лагере началась эпидемия дизентерии. В больнице не хватало мест, и многие больные умирали в землянках.
Отец Александр также заболел дизентерией, и жившие с ним в одной землянке заключенные священники стали хлопотать о помещении его в больницу.
Всего 3 месяца прожил он в лагере. Протоиерей Александр Лихарев скончался 17 марта 1938 года в лагерной больнице на станции Суслово Красноярской железной дороги (Сиблаг) в возрасте 62 лет. Похоронен в братской могиле.
Находившийся вместе с ним заключенный священник написал его детям: «Похоронен он... в братской могиле, близ мельницы... ушел родитель ваш в другой мир, но никого не оскорбил он ни на службе ранее, ни в заключении...».